在某个遥远的时空中，迪亚鲁加和帕鲁其亚又一次展开了激斗，双方互不相让地使出强力的招数。能量的碰撞引起了剧烈的爆炸，将一群群未知图腾震飞到空中。迪亚鲁加在战斗中占了上风，用一记时间咆哮袭向帕鲁其亚。帕鲁其亚迅速避开，闪躲之中它的一块宝石受了伤。战斗难解难分地继续着，双方都放出了巨大的能量波。
与此同时，一位研究员正研究着一份古老的手稿——戈笛的日记。据说在那份日记里有对阿拉莫斯镇非常重要的信息。他的屋子里四处摆放着检测能量用的仪器和研究相关的书籍。当那两只精灵在另一个时空放出能量的时候，小屋里的仪器竟检测到了离他所在的位置非常近的能量波，象征时空的力量。然而这位研究员却发现，这种能量并不属于他所身处的维度，而是一种极度不同寻常的，强大的力量。
就这样，战斗仍在继续。
今日.
小智，小光和小刚正走在前往阿拉莫斯镇的路上。小智和小光问小刚还有多久才能到达目的地，这两个家伙已经又累又饿了。小刚告诉他们就快到了，而城镇的影子也不失时机地出现在了他们前方的地平线上。一行人向镇子的方向飞奔过去，却失望地发现那座小城原是建在一座四面环水的湖心岛上。小光抱怨小刚没看清楚地图，而小刚自己也是一脸困惑的表情。就在这时，一个声音从不远处响起。来人却是一位乘着热气球飘过的年轻漂亮的女子，询问小智一行是否需要搭个便车。那还用说！一行人赶紧答应，跳进热气球的吊篮里。
一只小火猴放出火焰加热空气，让气球得以浮在空中。年轻女子自言名叫爱丽斯，是阿拉莫斯镇当地居民。话音未落，便见小刚恶习不改，两眼冒心地冲上前去向爱丽斯自我介绍。毒蟾蛙从球里跳出来将小刚一拳打晕，小智和小光则得以分别上前介绍了自己，并感谢爱丽斯载他们这一程。小刚忽然又跳了出来，翻他的花痴本子寻找爱丽斯相关的纪录。小光不由感叹小刚的恢复能力还真是惊人。小刚不幸没能找到爱丽斯相关的条目，不过他发誓要好好留意这位美丽的女子。
为了转移一下话题，爱丽斯告诉小智一行她会用草笛吹奏音乐，并向他们表演起来。她的笛声吸引来一群长翅鸥，一群波波和一只比比鸟。爱丽斯继续吹着草笛，比比鸟则开始向气球的方向致意。演奏结束，爱丽斯告诉大家她是从祖母那里继承了这项独特的技艺。
在他们的后面，尾随而来的是火箭队的噬人怪草气球。他们一如既往地执着监视着小智他们的一举一动，阴谋抓走皮卡丘。不过这次他们的注意力很快被几只悠然飘过的鬼气球吸引了过去。武藏掏出捕虫网想抓一只来，岂料不但没成功反倒引来了一只身上挂着各种仪器的幽浮气球。无谓的捕捉尝试惹恼了这些气球精灵们，它们用吹飞把火箭队变成了天边的星星。
爱丽斯的热气球很快来到了镇上，俯瞰着被称作时空之塔的双子塔楼。爱丽斯告诉大家这塔正是这座小城的著名之处。双子塔中一为时之塔，另一座自然是空之塔，塔下的大楼里有小光憧憬已久的华丽大赛举办。说话间，他们乘坐的气球突然剧烈地摇晃起来。并不像是被风吹过，更像是被一种能量所撼动。与此同时，在那位研究员的实验室里，紧张监测中的仪器也捕捉到了同样的讯息。
不久，一行人安全着陆。他们准备先在镇上好好轻松一会。爱丽斯告诉大家这是一个活力十足的城市，大家都可以很容易找到点自己喜欢的事情做。大家买了些棉花糖，开始参观镇子。小智和皮卡丘飞快地吃完了自己的那份糖，又趁着小刚全神贯注地和爱丽斯搭讪的时候吃光了他的那份。小智冥想着如何开脱罪责，却不小心撞上了一头沃土甲龙。随之出现在他们面前的是3位精灵训练家——带着沃土甲龙的胜海，带着皇帝企鹅的达伊和带着烈火猿的真纪。看到这是个训练的好机会，小智一行向3人发起了挑战。
皮卡丘迎战沃土甲龙，然而属性不利10万伏特的效果可谓微乎其微。沃土甲龙用种子炸弹展开反击，被皮卡丘躲开来返身一记钢之尾命中，呆楞在了地上。另一边，紧握双拳的毒蟾蛙正与烈火猿用拳击对攻，圆企鹅则在与皇帝企鹅瞪视了半晌后率先使出了泡沫光线。皇帝企鹅对这点微不足道的伤害嗤之以鼻，向圆企鹅冲撞过来。圆企鹅则赶在被撞到之前制造出旋涡潮将双方同时卷上了空中。皇帝企鹅落了下来，圆企鹅则留在半空，双方同时用钻孔啄啄向了对方。激烈的战斗仍在进行之中。