一行人走进房间，发现托尼欧倒在地上。爱丽斯紧张地跑上前去，托尼欧却自行醒来了。原来是他昨天工作到太晚，在屋子里昏了过去。托尼欧开始向爱丽斯讲述他昨晚的发现。与此同时，卷耳兔和圆企鹅在研究室里展开了小小的冒险。圆企鹅发现一块石板样的东西裹着蒙布放在架子上，于是好奇地拉开蒙布。然而它一不小心失去了平衡，连石板带蒙布一起掉了下来。皮卡丘见状赶紧跑来救场，不过小智却在它之前把石板接住了。小智将石板摆回原处，转而问精灵们在干吗，那石板是怎么一回事。托尼欧拿过石板，解释说这是时空之塔庞大乐钟系统的象征，在墙上还有很多很多这样的东西。言毕，托尼欧询问众人有没有兴趣看一看时空之塔的运转。
于是大家一同前往时空之塔。小智和小光拼命向前跑，都想第一个到达塔顶。然而还没跑多久，小光就累得上气不接下气了，只剩下小智一个人孤军奋战着。这塔的高度远远超过了想像，爬到一半的时候小智发现爱丽斯、托尼欧、小光和小刚都乘着爱丽斯的热气球往上升呢。看看面前的漫漫长路，小智也想搭气球走了，不过那气球超过他径直向塔顶飞去了。很快，大家来到塔顶一座巨大的机器前，小智也带着筋疲力尽的皮卡丘跌跌撞撞地跟上了队伍。一些波波和小拉达在那附近安静地栖居着。
托尼欧解释说着座机器可以将乐音传遍全镇，而那些石板中则储存着特定的音符。石板被安放在一个由4个石板和转盘组成的大浅盘上。研究员取出其中一块石板，让小光把他们从研究室带来的那块换上去，然后发动了机器。机器顶端的两个电极开始冒出电火花，齿轮的旋转带动锤子击打琴弦，音乐声悠然响起。
随后，大家乘气球降落下来。走出时空之塔的时候，他们又遇到了胜海、达伊、真纪一行人。小智、小光和小刚决定交换对手再赛一轮，然不等他们的比赛开始，一股强大的能量风便在岛上横行起来。另一个时空里，渐渐力不从心的帕鲁其亚努力躲避着迪亚鲁加的攻击，巨大的爆炸在时空之塔边发生，然后能量很快又消散了。
噩梦神在这时又一次出现，好像是从那能量中感觉到了什么一样。阿尔贝鲁特男爵和他的长舌头也不知从什么地方冒了出来，后面还跟着追踪报道捕捉活动的火箭队3人组。长舌头又一次使出了破坏光线，噩梦神则用一连串的黑洞作为回击。那些黑洞没有打中长舌头，却殃及了其他训练家的精灵们，包括小光的叉尾鼬和小刚的胡说束。然后噩梦神遁入黑影之中，想向后面的一条街道逃走。
阿尔贝鲁特男爵和小智都追了上去。男爵追上了噩梦神，然对方并无心恋战，只是用一记黑洞将长舌头送入噩梦状态便再次消失了。阿尔贝鲁特连忙上前察看长舌头的伤势，更加诡异的事情却在这时发生了——男爵变成了一只长舌头！起初他看到火箭队3人组惊恐万状的样子还不知道是怎么回事。火箭队七嘴八舌地解释了半天状况，直到武藏拿出镜子来阿尔贝鲁特才反应过来到底发生了什么。
与此同时，小智继续在屋后的路上追寻着噩梦神的踪迹。在途中他看到一只幽灵噼啪水濑穿过街道。一个黑影随后出现在他眼前。小智立刻让皮卡丘使出了十万伏特，用攻击将噩梦神逼出它的黑影，噩梦神被迫正面迎战。皮卡丘使用了高压电击，噩梦神却用影子分身躲了过去，接着又连续躲开了皮卡丘的一系列攻击。作为反击的黑洞被皮卡丘勉强避开，噩梦神却也又一次得到了逃走的机会，不见了踪影。
托尼欧在他的研究室中钻研着近来越来越强烈的奇异力量。在观看一段爆炸的录象的时候他注意到了什么，于是用慢镜头回放了一遍录象。他发现有什么东西在爆炸的中央，放大来仔细看，他发现了帕鲁其亚的身影。这只能意味着一种可能——帕鲁其亚在试图打开通往它们的时空的通道。
精灵中心里，所有受伤的精灵们都在休息室中歇息着，训练家们担忧地守在它们身边。阿尔贝鲁特男爵走了进来。大家一开始都很疑惑，因为他变成了长舌头，接着火箭队3人组带着真正的长舌头跟了进来。阿尔贝鲁特说这都是噩梦神捣的鬼，因为他当时放出了长舌头所以就被变成了这样。他的话很快被打断了，奇怪的雾气包围了整个城镇的消息传了进来。
整个山岛被一层厚厚的雾气所笼罩着，仿佛与外界的一切联系都被切断了一样。小智一行人来到连接小岛与大陆的桥边，发现有半截桥都被迷雾覆盖了。小智决定试一试能不能走过桥去，然而当他这样尝试的时候，却发现自己在往回走。托尼欧走上前来，拿出笔记本电脑向大家解释这可能与他在最近的异常监测中看到的帕鲁其亚有关。小智说他也在昏迷中看到过帕鲁其亚。托尼欧担心帕鲁其亚是想闯进这个世界里，如果这样，整个阿拉莫斯地带都会陷在扭曲的时空中无法脱身的。
阿尔贝鲁特男爵带着其他训练家走了过来，他说噩梦神才是这些奇怪事件的罪魁祸首，并提到他们将组建一个阻止噩梦神进一步行动的纵队。与此同时，小智一行人正试图弄明白到底发生了什么事，如果托尼欧的分析无误，这一切不可能事噩梦神的所为。他们决定陷在还是先回精灵中心为好。
阿尔贝鲁特男爵的纵队把噩梦神包围在了一小片空地上。训练家们使出了浑身解数攻击噩梦神，然噩梦神不但成功地阻挡住他们的攻击，还使用黑洞进行反击，让他们的精灵一一陷入噩梦状态。
陷入噩梦中的精灵们逐渐苏醒过来，纠缠他们的梦魇慢慢淡去。垂头丧气的阿尔贝鲁特男爵也变回了原来的样子，对着镜子里的自己再三确认着失而复得的人形。形式并未像大家所期待的那样好转，反而愈加严峻起来。最近的一股能量将整个阿拉莫斯镇传送到了迪亚鲁加和帕鲁其亚战斗的那个时空。大家都冲了出来，看着两只传说中的精灵用危险强大的招数激烈地战斗。然而这时迪亚鲁加的一次攻击没能击中帕鲁其亚，径直射向了时空之塔的位置。千钧一发的时刻，却是噩梦神挺身而出挡在前面保护了时空之塔。大家这才明白噩梦神并非他们的敌人。
帕鲁其亚和迪亚鲁加打得难解难分，没有人知道怎样才能让这两个怪物停手。托尼欧则一直在感叹它们放出的是如此不可思议的能量。大家现在面临的是另一个严肃的问题：小镇正在慢慢化为乌有。意识到这一点，托尼欧开始预测即将发生的事情：帕鲁其亚攻击时，小镇会逐渐从外向内消失。因为这位空间之神的能量宝石受到了损伤，只能从显示的世界中吸取能量。