食猿雕每年10～12月开始营巢，大多选择生长在山谷斜坡的大树，将巢筑在附生在大树上的蕨类植物形成的平台之中，距地面的高度一般在30米左右。每窝仅产1枚卵，孵化期大约为2个月。雄鸟送给雌鸟和雏鸟的食物频次是不同的。在食物贫乏的情况下，由于雄鸟带给正在孵卵的雌鸟的食物太少，雌鸟不得不离开巢和卵，自己去捕食，这种情况往往会导致孵化失败而最终弃巢。
在自然状态下，食猿雕的繁殖率极低，不仅产卵的数目太少，而且哺育一只幼鸟要花2年时间。因为幼鸟长齐羽毛需要4个多月，而且即使已经长齐了羽毛的幼鸟，仍然要在亲鸟的领域中逗留到第二年。幼鸟在自己学习捕食技术的期间内，可能仍然需要亲鸟的喂养。所以只有当幼鸟离开亲鸟的领域之后，亲鸟才可能再次营巢，进行繁殖。只有在幼鸟很小就夭折了的情况下，亲鸟才在当年冬天继续营巢繁殖。