虽说水葫芦本身有很强的净化污水能力，但大量的水葫芦覆盖河面，容易造成水质恶化，影响水底生物的生长。水葫芦繁殖速度极快，生长时会消耗大量溶解氧，几乎成了“污染”的代名词。滇池、太湖、黄浦江及武汉东湖等著名水体，均出现过水葫芦泛滥成灾的情况，耗费巨资也无法根治。水葫芦给滇池造成损失的案例是入侵物种危害的经典案例之一。20世纪80年代，昆明建成了大观河—滇池—西山的理想水上旅游路线，游客可以从市内乘船游览滇池、西山。但90年代初，大观河和滇池里的水葫芦疯长成灾，覆盖了整个河面和部分滇池的水面，致使这条旅游路线被迫取消，在大观河两岸兴建的配套旅游设施只好废弃或改做其他用途，大观河也改建成地下河。这些只是直接的经济损失，由水葫芦造成的生态损失却很难估量。
福建媒体报道了2007年中国的第一次水葫芦暴发，自闽江上游来袭的水葫芦覆盖水口大坝整个库区，面积近2400亩。随后，水葫芦这个名字不断出现在各地报纸上，成为今年上半年以来曝光率最高的植物：
4月中旬，水葫芦现身三峡库区周围，其中宜昌黄柏河的水葫芦已经封锁河道；5月中旬，四川南充市滑滩河水葫芦堵塞河道3公里；6月初，重庆花溪河水葫芦封锁4公里；同期，位于嘉陵江上的华能四川青居水电站遭到大量水葫芦入侵；7月初，浙江省钱塘江上游暴发水葫芦，富春江水库亦未能幸免；同期，上海金山、松江两地水葫芦大规模暴发，仅金山区每天打捞至少550吨；8月中旬，安徽省安庆市莲湖水葫芦侵占近千亩水面；9月初，湖南捞刀河水葫芦暴发，厚达3米，打捞者可在其上行走，而之前浏阳河水葫芦已经封锁河面绵延数公里；江山须江也泛滥过水葫芦…… 2012年1月31日福建水口镇湾口村段[2]
2007年9月6日，浙江省钱塘江管理局直管的海塘物业管理公司在钱塘江面发现了水葫芦，为及时清理水面，该公司已派出6只打捞船，80多名保洁员日夜不停打捞。截至9日，已打捞350吨。据悉，水葫芦生长速度很快，能在短期内把整个水面遮掩住，消耗大量溶解氧，逼得水生物无法生存，特别是在秋季，它的根叶会迅速腐烂，不仅堵塞水上交通，还会污染水源。
2012年1月31日，福建宁德市古田县水口镇湾口村段，浩浩荡荡的水葫芦延绵闽江近10公里，如同草原。遭水葫芦围困，鱼苗都无法放养。