《窗边的小豆豆》讲述了作者上小学时的一段真实故事。故事发生在二战结束前的东京，小豆豆因为淘气被原学校退学了，来到了一个全新的学校“巴学园”。“巴学园”是一个与众不同的学校。
“巴学园”有着与众不同的校门，它是由两株矮树组成的，树上还长着绿油油的嫩叶。；“巴学园”有着与众不同的教室，它们是一个个废弃不用的电车车厢。；“巴学园”有着与众不同的午餐，“山的味道”和“海的味道”。原来是校长不想让小朋友们偏食，所以蔬菜、肉类、鱼类，都得吃。；“巴学园”还有着与众不同的校长，第一次见到小豆豆，校长就微笑着听小豆豆叽里呱啦地说了四个小时的话，没有一丝不耐烦，也没有一丝厌倦。在“巴学园”里，没有固定的课程表，每节课都是按孩子们的喜好上课；孩子们可以在大厅的地上画画；可以光着身子在泳池里游泳；可以带毛毯来大厅露营；还可以爬上自己的小树。“巴学园”的课程上完了，老师会带学生们去散步、看星星、玩游戏……一切是多么令人向往！
而我们的学校却不想“巴学园”一样。我们的学校有固定的课程表，有固定的教室，每天还有着繁多的作业，我们不能爬上一棵属于自己的小树，不能带毛毯来大厅露营，也不能与老师散步，看星星。
好渴望去“巴学园”上学，可惜“巴学园”只在故事中存在。
哎！……
如果，长大了，我是一位校长，我会让自己的学校成为第二个“巴学园”我一定在每天早晨，孩子们上学的时候，站在校门口，在美丽的朝霞里看着我的孩子们一个个想早起的鸟儿一样，从四面八方聚来。我一定会张开双臂，迎接他们。我一定会抱一抱他们，摸摸他们的小脑袋，理理他们的衣服，系系他们的鞋带。会微笑着对他们说：“欢迎你们，我的孩子！”。下午的时候，我依然会站在校门口，在夕阳的余晖中，看着孩子们像归巢的鸟儿一样，从门口向四面八方散去，我会向他们挥挥手，和他们再见。然后对他们说：“孩子，晚上做个好梦！。
冬天，我们的课堂在阳台上，暖暖的阳光让我们的小手不会因写字而冻僵。
夏天，我们的课堂在大树底下，悦耳的蝉鸣，徐徐的清风伴着我们的书声朗朗。