从前有个14岁的小男孩尼尔斯，他不爱学习，只喜欢调皮捣蛋，这令他的父母操碎了心。
一天，尼尔斯的父母去教堂，只留尼尔斯在家。他发现了一个小精灵在翻母亲的柜子，遍便了捉弄之心，结果也被变成了小精灵。尼尔斯后悔不已，想询问动物们小精灵在哪？但却遭到了动物的愤怒，因为他经常捉弄小动物。正当他一筹莫展时，家鹅莫顿要跟随大雁去旅行时，他情急之下爬到了雄鹅身上，跟随它们一起旅行。
在旅行的途中，尼尔斯和莫顿互相帮助。尼尔斯也在慢慢成长，他们经过了格林敏大楼灰老鼠，准备趁黑老鼠不在时一举入侵大雁们听说了，和尼尔斯一同帮助黑老鼠成功驱赶走了灰老鼠。
但有一只狐狸斯密尔为了报复大雁一路跟踪，甚至挑衅水獭，让他们去捕捉大雁，但却被尼尔斯打退了。
在旅途中，尼尔斯也逐渐和阿卡成为了好友阿卡告诉他，只要回到家里，小精灵就可以把他变回去，但尼尔斯拒绝了它，因为他想要继续陪它们旅行。
有一次一只绿头鸭雅洛被一位年轻温柔的女主人收养病治好后，长工便拿雅洛做诱饵，猎杀野鸭，雅洛十分羞愧，终于明白了长工的伎俩，最终在英勇的尼尔斯的救助下成功逃脱。
在这次旅途中，尼尔斯增长了许多见识，交了许多朋友，他开始变得善良、勇敢、聪明最终回到了家中。