故事：在遥远的古代，世界上只有雪拉比与梦幻，雪拉比掌管大地，梦幻掌管天空，不久之后掌管时间的使者诞生了，它，就是迪奥西斯……当然，这只是传说……
小智为了成为世界闻名的神奇宝贝大师而旅行着，在一路上碰到了从前的好朋友小刚、带着弟弟小正也在旅行的小遥。
小智走着走着，回想起了从前的经历，的确值得惊叹：来到大森林拯救了雪拉比、参加水都比赛，碰见了拉迪亚斯、拉迪欧斯、大海上发现了沧海王子玛纳非、成为波导和梦幻的勇士帮助了远古的鲁卡里欧。这一切的一切都如梦如幻。
“小智，快点，你可别走丢了！”小遥大喊道。
这时，小智一行人来到了一个神秘的城市，这个城市的名称也怪怪的，叫“帝斯城”。这个城市的所有人都穿着古代的衣服、食物也是古代人吃的……这让小智一行人有一种复古的感觉，也让他们疑惑。
询问了当地市民，他们才了解：这个城的女皇是先祖迪斯的后代，先祖设定了这个永不可改的规定，所以成了这样。这时，另一位市民说：“书上记载，公元前183年，迪斯创造了这个城，但是，他设了一个规定，不管怎样都得执行，时间掌管者迪奥西斯发现了这个违背时间的人，用时光球与帝斯城的时间作抗争，可力量型的迪奥西斯防御力太差了，迪斯用封印魔球将时间之伸封印，此后，就没有人能阻止迪斯违背时间的做法了。”
小智拿出了神奇宝贝图鉴，查了一下：迪奥西斯，神话中的神奇宝贝，世界上仅存3只，其余都是谜。
也就是说，还有两只迪奥西斯可以拯救帝斯城，虽然这是传说，但小智还是愿意去找。女皇偷听了小智的话，请来了火箭队阻挠小智一行人去寻找迪奥西斯，火箭队想：不仅可以赚到钱，还有机会抓住谜一样的神奇宝贝，是在好不过了……他们贪心大发，答应了女皇的要求。
在一路上，火箭队多次阻挠，但小智太了解他们了，只用了一只皮卡丘就打败了他们。在梦想之谷中找到了沉睡已久的迪奥西斯（第二形态），但要破解迷宫步法，小智他们凭着聪明才智唤醒了沉睡已久的迪奥西斯，拯救了帝斯城。女皇也因此事而悔悟：人不能违背时间，虽然好像是时间停止了，但会误了大好青春。
事情解决了，小智为了成为世界闻名的神奇宝贝大师又开始了旅行……
（请期待下一次剧场版）