２００５年１０月１２日，８时５９分１０秒，酒泉卫星发射中心，发射塔架中部４组长臂般的黄色摆杆向一侧打开，如同母亲松开了环拥在怀中的孩子。各系统与地面的连接已经断开，５８．３米的船箭组合体毫无羁绊地矗立在９７米的发射架旁。
“神箭”和“神舟”第一次迎来了两名乘客。他们将在太空中飞行多天，并且要从返回舱到轨道舱进行科学实验。神舟六号飞行，将实现我国第一次有人参与的空间科学实验，是我国载人航天工程承上启下的关键一步。倒数第６秒，“6、5、4、3、2、1！” 倒计时指向０秒。“点火！”水火交融之中，轰鸣声震耳欲聋。
4秒钟后，这个重达４７９吨的庞然大物离开了发射台。第１２秒，距地面２１１米的火箭向东稍偏南的方向拐了一个４到５度的小弯。弯度越来越大，穿过低云薄雾，火箭在天幕上划出了一道亮白色的弧线。第１２０秒，火箭实施第一个分离动作，抛掉了顶部身高８米、状如避雷针的逃逸塔。第１３６秒，火箭助推器分离。第１５９秒，一二级分离。第２００秒，整流罩上的３２把锁同时开启，两瓣罩体落入空中，露出“襁褓”里的飞船。此时，第二级火箭已经飞出了稠密的大气层。第５８３秒，火箭迎来了它最后的辉煌。５８３秒激情飞行，火箭在完成送神舟六号载人飞船进入太空的使命后，以自我牺牲的方式完美谢幕。费俊龙和聂海胜开始了他们的第一天太空之旅。