放暑假了，成为世界第一的神奇宝贝训练家——小智受到大木博士的邀请，一起去南沙群岛度假。
第二天，小智收好要带的东西和皮卡丘、鸭嘴火龙一起来到了大木博士的研究所，大木博士一见到小智就说：“你们来晚了，我都快等不及了。”说着就带着小智用时空转换机来到了南沙群岛。走出时空通道，小智他们来到了南沙最美丽的岛屿——曾母暗沙，正好看见坏蛋板木用水晶超梦收服一只梦幻，小智心想：“不能让这个坏蛋收服了梦幻，否则他就可以造出石板梦幻，这可是最厉害的神奇宝贝！”这时梦幻的力量已经越来越弱了，小智快速跑到他们中间试图阻止板木：“你不能收服梦幻”，可是板木根本不听，小智只好使出最后的武器——皮卡丘和鸭嘴火龙去帮助梦幻。皮卡丘发出亿万伏特和梦幻的幻想光线合力挡住了水晶的神秘光线，鸭嘴火龙乘机连发了10个“火字爆”终于把水晶超梦打倒了。板木只好收回神奇宝贝灰溜溜地离开了。
梦幻为了感谢小智的帮助，自愿让小智收服，成为“小智组合”的一员，一起进行南沙群岛欢乐度假。