一百年后的一天，一个代号叫“HHH”的星球发现了一种怪病，这种怪病能让得病的人出现瘫痪，而且这种病毒非常容易传染。一个宇宙恐怖势力集团宣称这种病的病毒是他们最新的研究成果。
Y博士听到了这个消息之后，立即召集了所有的医学专家来商讨这种怪病的治疗方法，但是，他们左思右想还是找不到治疗的办法，于是他们向星际医学联盟求救，星际医学联盟火速派遣了三艘“扁鹊号”运输医疗舰前往“HHH”星球采集病原，最后星际医学联盟把采集到的病原分发给所有的星球的医学专家那儿研究。在一颗代号为“XYZ”的星球的深海里发现了一种植物可以预防这种病毒的入侵，但不能完全治好这种病。在一颗代号为“YXY”的星球的地下三百公里的岩层下发现了一种物质也可以对这种病起到一定的疗效，但是也不能完全治疗好这种怪病。与此同时，其他的一些星球也都传来消息说找到一些可能对这种病有一定帮助的物质。
虽然它们都没有找到根治这种病的办法，但医学联盟认为，如果把这些药材全部综合起来，就可能研制出有效的药物了。于是星际医学联盟就派遣Y博士为队长，带领三艘“华驼”号医疗宇宙飞船和五艘“无敌”号宇宙护卫舰前往找到药材的那几个星球采集药材。
正当Y博士他们火速前往那几个星球的时候，突然遇上了早已埋伏在那里的“黑暗团伙”，于是Y博士立即命令所有的护卫舰用“超级激光麻醉弹”向“黑暗势力”展开猛烈的攻击，最后终于活捉了全部敌人。
在前往各个星球的途中，他们不怕艰难，历经千辛万苦，最后终于采集到了各种药材，研制出了能彻底根治这种怪病的药。同时宇宙法庭也将这些“黑暗”势力一网打尽。星际医学联盟为了表扬Y博士不怕艰难、顽强拼搏的精神，授予了他“星际医学斗士”的称号。
现在“HHH”星球上的怪病解除了，人们又可以过上快乐的日子。