《忍者神龟》讲的故事大约是这样：3000年前有一位国王，他带领的军队战无不胜，攻无不克，一次偶然的机会，国王知道了异星世界的大门将要打开，可以长生不死。于是在九星连成一条直线的那一天，他拥有了无比的神力和不死之身，同时他也付出了巨大的代价，就是国王的武士们都变成了石雕，而在大门开启之时，13只异星怪兽也来到了地球危害人间，国王对此后悔不已，他决心在九星再次连成一条直线的那一天，他要赎他的罪。
2000多年后，在纽约的一个下水道里住着四只勇敢的神龟和老师斯普林特，他们是李奥纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳特罗。李奥纳多的武器是武士双刀；拉斐尔的武器是匕首;米开朗基罗的武器是双截棍;多纳特罗的武器是棍子，他们的首领是李奥纳多。老师斯普林特决定让李奥纳多去野外实习，在野外实习1年的李奥纳多在得知了在纽约有13只怪兽以后，回归了忍者神龟的队伍。回来后他发现这里的一切都变了，多纳特罗整天在研究科学实验；米开朗基罗在搞娱乐，每天都带着一个很大乌龟头的玩具；拉斐尔白天睡觉，自己做了一个面具，晚上就抓强盗，行侠仗义。李奥纳多回来后，拉斐尔不服从李奥纳多的管教，愿意单独行动，为此哥俩还争斗了起来。争斗过后李奥纳多被国王的保镖当成怪兽抓了起来。
国王准备在九星再次连线的那一天实施自己的赎罪计划，他找到了几个红色的石头，放在石雕上，武士们都复活了，他们一起来抓异星怪兽，但这些武士也是属于异星世界的。
多纳特罗、拉斐尔、米开朗基罗和他们的老师斯普林特准备救出李奥纳多，在营救李奥纳多的过程中，他们得知了国王的良苦用心，最后他们帮助国王找到了最后一只怪兽，并且在九星再次连成一条直线的时刻，把这13只怪兽和那些复活的武士们送回了它们原来的家。而国王温特森也随着大门的关闭而融化了。
经过这些事情以后，神龟们明白了团结的重要。拉斐尔不再当“夜行侠”，米开朗基罗也不再搞娱乐的东西，他们一起并肩作战，保卫着纽约市。
我觉得这几只忍者神龟之所以能成功的保卫纽约城，也正是因为他们四兄弟团结一致的结果。事实证明，如果他们内部不团结，他们就会失败；如果他们联合起来，他们就能战无不胜。因为最勇敢者的失败往往是不能战胜自我，而不是被别人打败的。