玛丽是一个倔强、高傲的女孩，因为父母的双亡，变得特别孤单。她去了姑父的庄园，所有人都不喜欢她，她变得更加孤单了。只有一个活泼开朗的女孩玛莎，一步步打开她那孤单的心灵。
她使玛丽也变成了一个活泼开朗的女孩，还有玛莎的弟弟迪肯，他是一个爱小动物的男孩，小动物都和他很亲近，他的乐于助人也感染了玛丽。无意间，玛丽发现了一个被封锁了十年的秘密花园，秘密的和迪肯一起把秘密花园变了一副模样。他们在秘密花园里除草、种花……每天都忙得不亦乐乎。
在一个暴风雨的夜晚，玛丽听见庄园中有哭声，她终于找到哭声的房间，房间里躺着一个脸色苍白的小男孩，原来他是玛丽的堂弟--科林，他们在一起聊天，逐渐地科林变得开朗了，玛丽告诉科林秘密花园，他们一起去了秘密花园，科林在花园中享受了阳光、新鲜自由的空气，还有花花草草和小动物们，玛丽、科林和迪肯在花园中快乐的玩耍！魔力在科林身上发生了，他能站起来了，这是让朋友们兴奋又开心的事，期盼等姑父克雷文先生回来了惊喜地发现这一切。
玛丽从高傲倔强到乐于助人的变化，科林从不敢面对现实到勇于面对自己，每一个人都在这秘密花园中得到了改变，而改变这一切的是什么呢，是快乐这魔法，快乐对生命的渴望也许就是生活的真谛，快乐还能让坠入深谷的人重拾信心，也能让人们在漆黑的夜里找到一盏灯。我们每一个人心中有一个秘密花园，只有快乐才是开启的钥匙……