有个名侦探，名叫柯南，他果断勇敢，破案无数。
有一天，有一位神秘人邀请毛利一家去航空母舰上玩，但如果他们走了，柯南就没人照顾了，征得神秘人同意后，柯南也跟着毛利一家走上母舰。
刚刚走上母舰，柯南还不适应迎面吹来的风，就来到了船尾。这时，窃窃私语的声音传进了柯南的耳朵。是谁在笑声说话?难道是神秘人?怀着不解的心情，柯南小心翼翼地走到他们身边藏了起来。“这次计划有把握吗?只准成功，不准失败。”其中一个人说。另一个人说“放心吧，老大。只要我出马，这舰上所有的人，都会被我……哼哼。”他又做了一个抹脖子的动作。柯南看见了这一切，心想：不好!难道他们要杀死所有人?不行，我一定要阻止他们!于是柯南开始跟踪他们。
他们在母舰上绕了大半天，来到了一个隐形的密码门前，飞快地按下了密码，走了进去。柯南赶紧冲上去，可门已经关了起来。柯南在四周走了一圈，并没有窗户，怎么办呢?柯南想了一会，“我知道了，可以从指纹入手”，柯南兴奋得跳了起来。于是他仔细观察起来，过了几分钟，柯南破解了密码，走了进去，四处张望，寻找可疑人物。这时，一个人影飘到了柯南身后，举起棍子，想要袭击柯南。他哪里知道，柯南早就发现了他并做好了准备。说时迟，那时快，就在棍子打中柯南的瞬间，柯南使劲往前一跳，在空中转过身体，打开***，迅速瞄准，发射了一枚麻醉弹，那人影还没有反应过来就倒在了地上。柯南费力地拖着被麻醉的人告诉了舰长。在逼供下，那个坏人告诉了另一个人的位置，还说他们在舰上安了十枚炸弹，想把舰上所有的人都通通消灭掉。柯南得知后，立刻根据坏人提供的信息，抓到了他的同伙。
就这样，柯南用他的聪明才智，拯救了舰上的所有人。