在许多年前,口袋怪兽与人类和谐相处,日子过得十分幸福,也没有什么坏人,原本这种生活会永远持续,但是……
有一天,口袋怪兽的专家——大木博士,在进行研究时发现,一颗硕大的陨石正以每秒100千里的速度接近地球,他立马通知了所有的图鉴拥有者,经商量,他们决定建造一艘飞船,名字就“赛尔号”,并把一些口袋怪兽救到上面,而且造一些机器人来服务飞船(就是后来的赛尔),可出乎意料的是,陨石的速度越来越快,一下子达到了每秒1000000千里的光速撞向了地球,一时间,天摇地动,飞沙走石,于是在危机之下,博士果断的给那些机器人加载了自我意识,并启动了飞船,于是一场新的旅程开始了……