一天，碧吉独自出门散步，突然她掉进了一个无底洞，不知怎么的，来到了一个熙熙攘攘的地方。碧吉抬头一看，呀！这是日本，大街上到处都是日文的招牌，幸好在学校里学过日语，不然就惨了！碧吉在大街上漫无目的的走着，突然，一张海报飘过来贴住了她脸上，碧吉连忙拿下来一看，原来是一个破旧的教堂中夜晚经常会听到美妙的笛声，虽然很美却让人感到胆战心惊。有许多人都去过，但是什么也没发现。海报的标题就是“教堂惊魂”。
“姐姐，你是美国的碧吉吗”一个小男孩扯了扯碧吉的衣角。
“柯南！”碧吉吃了一惊。
柯南好奇地问：“你怎么会来到这里呀？另外两只小虎路克和帕特里克呢？”
碧吉把自己到这里的经过告诉了柯南，顺便把海报递给柯南看。他俩很感兴趣，决定晚上去看个究竟。
到了夜晚，天漆黑黑的，风呼呼地吹着。来到了郊外的教堂边，果然有美妙的笛声传来，那声音很婉转让人陶醉。碧吉正准备推门，只听“吱呀”一声，门自己开了。一阵风带着笛声从门里吹来，他俩觉得好像有点冷，忍不住声音也有点瑟瑟发抖了。柯南先跨入门里，用手表电筒一照，只见里面到处都是蜘蛛网，，阴暗潮湿，地上长满了绿绿的青苔。
“有人在吗？”碧吉问道。
笛声顿时停了，过了好一会儿，笛声又悠扬起来了。他俩四处寻找，什么也没看见。突然，身后的门“呯”的一声关住了。他俩顿时毛骨悚然、魂飞魄散，全身起了一层鸡皮疙瘩。他俩壮着胆，沿着“嘎吱嘎吱”的木楼梯来到了二楼，还是见不到人。他们摒住呼吸，站在那儿，鸡皮疙瘩继续在全身长大。突然，笛声在他们背后响了起来，他俩同时发出“啊”的一声尖叫，笛声再次停了。四周是漆黑一片，死一般的寂静。他俩哆嗦着回过身来，什么也没有。突然，柯南发现地上有两个忽明忽暗的小亮点，他立刻亮出电筒。顿时一束强烈的光圈罩住了一只惊慌失措的小灰鼠，它嘴里正衔着一根细细的草茎。小灰鼠见柯南和碧吉没有害它的意思，便低头啃起了草茎，悠扬的笛声再次回荡起来。
“啊！原来是这样！”碧吉和柯南欢呼了起来。
就这样，这个偏僻的教堂很快成为了有名的旅游胜地。每到夜晚，都会有许许多多的游客来欣赏这美妙的乐曲！