灰太狼今天没抓到羊，甚至连羊村铁门也没进就被包包大人用鼻子扔过了河，还被小羊羔们笑了一顿。他闷闷不乐地回了家，没想到二叔、表哥、舅舅包括他的侄子蕉太狼都来到他家做客。灰太狼向亲戚们叙说了他的遭遇，本以为能得到他们的安慰和帮助，结果他们反而骂他窝囊，玷污了祖宗武大狼的名声。灰太狼心里骂道：“就知道骂我，你们不也没吃过羊吗？从今以后，我要做只顶天立地的狼！”
灰太狼说到做到，送走客人后，他立即开始研究对付羊的方法。他发现，以往每次捉羊，捉到了以后放在家里不安全，总是让喜羊羊救去，于是他秘密修建了座地下狼堡，选择地下的原因，一是不容易发现，二是地下气压高，水沸点高，煮羊容易烂。新狼堡兴建好了以后，他正准备抓羊时，又自言自语道：“不行，包包大人这几日常住羊村，有他在抓羊就难了；喜羊羊太狡猾了，万一制造了几个陷阱，那就更难了。得想办法对付这两个。”忽然，他眼珠一转，阴脸地笑了。
这天夜晚，灰太狼用挖地道地方式，排除万难，潜入羊村。来到包包大人所在旅馆，趁着警卫员睡着了，轻手轻脚地走进包包大人的房间。包包大人刚刚睡下，听见声响，便问道：“谁？”灰太狼装作羊声说：“是我，沸羊羊，村长让我给您送夜宵来了。”“不是刚送过了吗？”包包大人不解地问，惊出灰太狼一身冷汗，但随即灵机一动，抽出刀，说：“这是香蕉。”由于天暗，看不清物体，包包大人消除了疑惑，正准备接过“香蕉”时，忽然灰太狼跳了起来，包包大人冷不防，便被灰太狼一刀直插心脏。“抓刺客！”这是包包大人最后的一句话。警卫员立即醒来，但灰太狼早已剪断电线，躲在暗处，然后趁着夜色逃离了羊村。
这便是灰太狼的第一步计划：切断羊村左臂。他从此再也不窝囊了，残忍、邪恶、血性已暴露无疑。
第二天早晨，灰太狼又开始了第二步计划。他发射了一枚导弹，该导弹是针对喜羊羊研制的，根据他的气味对他穷追不舍，飞行时间长达两个小时，目的是为了拖住喜羊羊，切断羊村右臂，喜羊羊果然被拖住了。没有了喜羊羊，其他羊惊恐失措，灰太狼不费吹灰之力便突破了铁门，朝其他羊扑来。沸羊羊上去抵挡，被灰太狼三拳两脚打得鼻青脸肿，灰太狼轻而易举地把他抓住了。懒羊羊见状，把手捂着头，在地上直哆嗦，口中念道：“不要吃我！”灰太狼冷笑道：“不会逃跑，不会抵抗，这样的羊就该第一个吃！”美羊羊和暖羊羊带着村长没命地逃，没想到跑在前面的美羊羊太不小心了，竟摔了一跤，暖羊羊没来得急刹车，也跟着倒了下去，不用说，统统被灰太狼抓住了。灰太狼高兴地载着五只羊回了新狼堡。
灰太狼心里乐开了花，对着肥羊们说道：“懒羊羊个子最小，肥肉最多，做烤全羊不用放油的；沸羊羊最壮，瘦肉最多，做羊肉串最合适；慢羊羊最老，不过炖汤喝挺滋补的；美羊羊肉最嫩，油煎着吃为佳；暖羊羊肉最多，干脆腌着吃吧！”小羊们一听，放声大哭起来，沸羊羊叹道：“想不到我要惨死在这里！”美羊羊哭道：“这次真的要被做成熟羊肉了！”懒羊羊一动不动，估计已被吓死了。灰太狼忙了起来，虽然干活有点懒，但一想为了羊，立即精神百倍。这不，半个钟头的工夫，就把懒羊羊送进了烤箱，沸羊羊送上了支架。很快，羊肉熟了，灰太狼吃着鲜美无比的羊肉，快乐极了，这是他有生以来第一次吃羊肉，从此他在狼族里昂首挺胸，成为了传奇人物。
与此同时，喜羊羊正疯狂地逃脱导弹的攻击。正当他筋疲力尽时，导弹燃料也用光了，他逃得了性命，躺在地上，他太累了，错过救其他羊的最好时机。这一躺便是二十四个小时，而灰太狼已把羊肉吃光了，来寻找喜羊羊做午餐。喜羊羊得知同伴们全被灰太狼吃了后，愤怒无比，与灰太狼展开了决斗。喜羊羊全力以赴，但最终不是灰太狼对手，只好逃命。逃也不是办法呀，万一遇上悬崖怎么办？喜羊羊边跑边想办法，他太聪明了很快，一条计便上心头。他改往青青草原原长府奔去。原来，草原已下达逮捕灰太狼命令，因为他刺杀了包包大人。当喜羊羊进了原长府时，灰太狼也跟了进来，新原长一见灰太狼便怒火中烧，命令警卫员捉住他，两只老虎便向他扑去，灰太狼情知中计，正准备逃，背后两只野猪冲来，四只动物很快便控制住了灰太狼，把灰太狼送进了监狱。这天晚上，狮子大法官判处灰太狼死刑，他被带到了刑场。“砰”的一声，枪响了，这只坑害动物的恶狼得到了应有的下场。
喜羊羊回到羊村后，整理剩余的残羊，重建被破坏了的羊村。第二天的大选，喜羊羊得到史无前例的“全民投票”，成了羊村的新村长。按照惯例，在八月十五进行赏月庆典活动。喜羊羊面对着圆月，想着与他朝夕相处的美羊羊、懒羊羊、沸羊羊、班长和村长，不禁吟道：“羊有悲欢离合，月有阴晴圆缺”。众人尽皆叹息，喜羊羊说：“乡亲们，不要难过，我们要勇敢面对现实，与困难做斗争，把羊的美德发扬光大，把羊村建设得富裕起来，这样，那些死去的亲人们会为我们倍感容幸！”
二十五年后，喜羊羊老了。这时，灰太狼的儿子小灰灰仿效父亲，力图抓住喜羊羊为父报仇。在喜羊羊的指挥下，打败了小灰灰的进攻。不过他也在一次战斗中负伤，医治无效去世，他的最后一句话是：“你们要建设好羊村。”
五百年后，在羊村一次民意测评中，喜羊羊再一次以百分之百的得票率当选“最佳村长”。