11年了，别提他了。伴随着TV动画“黑衣组织之章”的突入，名侦探柯南已经历经了第11个年头，每年惯例的剧场版第11弹早在12月就已经公开，并预定在2007年4月21日全日本公映。剧场版11沿用了制作柯南剧场版的原班人马，监督和脚本设定的工作依然由本泰一郎先生和柏原宽司分别担当，角色设定则由须藤昌朋负责。M11日文名为《绀碧之棺》，标题的解释可以参考金田一的第二部剧场版《杀戮之绀碧岛》，“绀碧岛”在冲绳群岛中有一段古老的历史，在八重山诸岛洗传的神话里，绀碧岛上曾经住著许多神仙。昭和初期时代，所有岛上出生的人都要接受圣岛独特的洗礼，所以就算短时间离岛就学和就业，最后都一定会再回到岛上，绀碧岛上流传着两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，另一个是300年前真实存在的女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝。从绀碧岛的传说来，M11中的神海岛就绀碧岛。
今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。
“神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolie Rougu”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。