一天，灰太狼和红太狼又想吃羊肉了，红太狼对灰太狼说：“你快去捉只羊回来，好让我们吃羊肉。”
灰太狼以每小时50公里的速度冲了出去，眨眼间就到了羊村学校，它用老办法打开了门，大门立即放出防盗电波，但是由于灰太狼穿着防电服，它竟然堂而皇之的走了进去。它快速来到教室，以迅雷不及掩耳之势，给喜羊羊注入了麻醉剂，并把它带回了家。红太狼说：“鲜羊肉才好吃，把它先关到监牢里。”灰太狼赶紧把喜羊羊放到监牢里。
羊村长发现喜羊羊不见了，而灰太狼也消失了，只好请求名侦探柯南来帮忙。柯南根据折断的树枝以及灰太狼的毛发，终于找到了灰太狼的新家。但却因为灰太狼有高科技武器，柯南它们打不过它。眼看喜羊羊就要被煮了，情急之下，羊村长请来了《功夫熊猫》里的无敌六人组——熊猫、老虎、螳螂、蛇、猴子和鹤。
它们经过一场昏天黑地的大战，熊猫它们破坏了灰太狼的武器，将灰太狼打败。熊猫用了一招“无敌风火轮”打开监牢，救出了喜羊羊。但是房子却坏了，即将倒塌下来。在这危急时刻，柯南突然发现地下有一个暗道，它们沿着暗道一直走到尽头，发现暗道尽头竟然是羊村学校。原来灰太狼挖了这个暗道，是想随时来捉羊，而此时，这个暗道居然成了逃生通道。但是灰太狼和红太狼在最后关头未能幸免，被倒塌的房子压死了，羊村终于不用害怕有狼来吃它们了。
喜羊羊又可以和小伙伴们无忧无虑的一起上学了。