1、作用不同：
家庙是供奉祖宗、先辈神像、灵位，供族人祭祀、朝拜、思念的场所；而祠堂是族人聚会、议事、处理族内纠纷等宗族活动的场所。
2、设立不同：
（1）家庙设立之前一定有过高官，而祠堂则不需要。家庙就是为祖先立的庙，属于祭祀祖先和先贤的场所。古时有官爵者才能建家庙，作为祭祀祖先的场所。
（2）祠堂是供奉祖先和祭祀场所，是宗族的象征。祠堂除了作为祭祀场所之外，还是执行族规家法的地方。族人的冠礼、婚礼、丧礼基本上都在祠堂进行的，有的宗族规定族人之间或族人家庭之中发生争执，都要到祠堂中裁决。所以，在封建时代，祠堂在一定意义上又成了衙门，具有“公堂”的性质。
3、家庙与祠堂虽然是封建社会遗留下来的产物，在当今有其新的存在意义和社会作用。