因为平时在阳台种植的蔬菜，所使用的容器多为劣质容器，而这种容器里会含有一些化学物质和有毒物质，可能会进入蔬菜当中，另外所种植的土壤，可能是从废墟、花坛等地挖来的，很可能含有城市生活垃圾、重金属废弃物残留等有毒物质，也会使阳台菜受到污染。
若阳台靠近空气浑浊的马路等地区，那么在阳台种植的蔬菜就会受到汽车尾气、灰尘粉末等较多污染物的空气影响，从而会导致菜品不健康。
阳台种菜一般可以种植瓜果类和叶菜类的蔬菜，其中瓜果类有茄子、辣椒、西红柿、黄瓜等，叶菜类有生菜、芹菜、甜菜、苦苣、油菜等。
阳台种菜适宜施的肥料有有机肥料和无机肥料，其中有机肥料还可以分为动物性有机肥和植物性肥料。