医学论文由前言(引言)、临床资料(资料与方法)、结果、讨论等组成。各部分应妥善安排，即明确分工，避免重复，又互相配合，防止遗漏。正文内的小标题层次分配国内各刊使用不一，本刊要求为1,1.1、1.1.1、(1)、①，可以跳档使用。本刊正文亦主要分为前言、临床资料(资料与方法)、结果、讨论等四个层次，也即为四个段式的格式。相当一部分医学论文都有参考文献，其附在全文结束后，顺序应以右上角码的形式标注在文内相印处(即引用文献处)。
引言(前言)
是医学论文开篇的一段短文，主要介绍本文的背景、理论依据、论文的范围目的与工作的收获、结果、意义等。可根据论文的需要或长或短。要求言简意赅，点明主题。
临床资料(资料与方法)
是论著的主要内容，包括实验对象、器具、采用什么方法、多少病例(男多少、女多少)、如何分组、诊断手断、依据、治疗方法(用药)、疗效标准、观察及随访时间等等。应说明资料来源的时限、年龄、性别、职业的可比性。因此，描述材料和方法以使读者能进行重复为度，过分简略固然不行，过分详尽也无必要。
结果
医学论文的中心部分。即实验研究、临床研究、分析观察、调查的各种资料和数据，进行分析、归纳，经必要的统计学处理后所得的结果。这是决定论著质量是否严谨，数据是否准确可靠，要求高度真实和准确，实事求是的撰写。失败就是失败，成功就是成功，不要人为地夸大成功率，且要消灭统计方面的误差。
讨论
即将所得结论或研究结果，从理论上进一步认真分析。科学的推论和评价，证实所得结果的可靠性，阐明具有科学性、先进性的论据，从而取得大家的公认。
当然，一篇文章通常只讨论其中的某些方面，不可能面面俱到。重要的是，讨论必须紧紧扣住该文的研究结果，突出自己的新发现与新认识。有的医学论文讨论部分只是重复过去的文献，甚至抄袭某些专著和教科书的内容，这就失去了讨论的意义。
讨论的深浅、正确与否，很大程度上取决于掌握文献的多少和分析能力。因此，必须了解本专业的近况及动向，才能比较客观的得出正确的结论。
医学论文的参考文献
只限于自己阅读过并引用的文献(必须是公开发行的刊物)，按文内引用顺序排列写在文后，文内按1.2.3……顺序在引用处标出右上角码，如在右上角标注[1]或[1-3]或[1,4]最好是着重引用近年的(3-5年)期刊文献。医学论文参考文献的书写格式多采用温哥华式。
刊物:作者(两位作者可一并列上，中间加逗号;三位作者或以上，可只写第一作者，后加逗号及等)，文题列于作者后(有的刊物略去文题)，然后顺序列出刊物名称、年份、卷(期):起迄页。