区别在于：公共基础知识是以选择题和判断题为主，考试的内容涉及法律、政治、文化、常识等方面的内容，和行测里面的常识判断有点类似，但是又不同于常识判断，比常识判断的内容要深，而且要广。
公共基础知识：
公共基础知识是事业单位招考中出现的对考生综合知识进行考察的一门科目，其主要是测试应试者对知识的掌握程度和运用知识分析问题、解决问题的能力。其考察内容包括政治、经济、法律、管理、人文、科技等。从范围上看，考察知识面较广;从深度上看，考察难度不大。从区域角度上看，各省市考试内容略有不同，但政治和法律所占比重相对较大。点击查看更多：事业单位公共基础知识资料
行测：
事业单位考试中行政职业能力测试考察内容涵盖数量关系、言语理解和表达、判断推理、资料分析、常识判断等，个别省份还包括写作方面的题目。这些题目重点考察考生对数量关系的理解与计算能力、对语言文字的综合分析能力、逻辑判断推理能力、运用基本知识分析判断的能力、运用基本知识分析判断的能力以及写作能力等等。