1、定义上的区别：公寓是商业地产投资中的一种居住地产形式。每层楼内有若干个房间和公共的走廊、厕所和浴室等、可供办公居住对外租赁之用。商住楼是指该楼的使用性质为商、住两用，商住楼一般底层（或数层）为商场、商店、商务，其余为住宅的综合性大楼。
2、产权上的区别：公寓根据公寓类型不同产权年限也不同。居住型公寓的产权年限为70年，商务型公寓根据用地性质产权为40年或50年，酒店式公寓产权为40年。商住楼商住楼的土地使用性质为综合用地，根据国家土地法规定，综合土地的使用权年限为50年。
3、建设主体不同;公寓是商业地产投资中的一种居住地产形式。建设主体为地产开发商，用来租赁或售卖。商住楼不分建设主体，不仅开发商可以建，非开发企业、个人也可以建，没有规定必须出售。