1、交通环保不适应交通发展形势。作为重点发展行业，国家加大了交通基础设施投入，带动交通建设飞速发展，交通环保任务和责任随之加大。交通环保点多、线长、面广、流动分散，治理难度大，工作机制和队伍远远不适应工作开展的需要，尤其是作为行业环保中坚力量的各地交通主管部门环保机构存在管理薄弱问题。
2、通环保监督检查不够。交通环保监督管理力度不够问题突出，特别是工程施工阶段的环境保护监督管理不到位。
3、交通环保执法管理混乱。交通环保法规交叉、难以公正执法等问题突出。
4、交通环保欠帐较多。由于地方交通开展环保工作较晚，发展也不平衡，造成欠帐较多。中小港口、小型船舶污染治理欠帐多，管理监督难度大。