手术室常用的灭菌方法有四种：
热力灭菌法：热力能破坏微生物的蛋白质和核酸，使蛋白质变性凝固，核酸解链崩裂，从而导致其死亡。紫外线：紫外线的杀菌原理，细菌DNA吸收紫外线后，一条链上相邻的两个嘧啶通过共价键结合形成二聚体，干扰DNA的正常碱基配对，导致细菌死亡或变异。超声波：其杀菌机制是通过水时发生空化作用，破坏细菌细胞质的胶体状体，使其胞膜、胞质分离，胞壁及胞膜破碎致细菌繁殖体死亡。滤过除菌：用滤菌器阻留过滤液体和气体的细菌，以达到无菌的目的。滤菌器含有微细小孔，只允许液体或气体通过，而大于孔径的细菌等颗粒不能通过。常用滤菌器有蔡氏滤器、玻璃滤器、薄膜滤器及高效颗粒空气滤器四种。