驾驶证扣分超过12分的处理方式如下：
1、驾照扣分超过12分，公安机关交通管理部门将扣留其机动车驾驶证。
2、A、B类驾驶证注销其最高准驾车型驾驶资格，并在三十日内办理降级换证业务。
3、驾驶人在十五日内到相关地点，参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
4、驾驶人在学习二十日内，再进行道路交通安全法律、法规和相关知识的考试。
5、考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证。
6、考试不合格的，继续参加学习和考试，拒绝学习和考试的驾驶证停止使用。
【法律依据】
《机动车驾驶证申领与使用规定》第六十八条规定，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。