稽查工作分选案、检查、审理、执行四个环节进行。
1、选案，国税机关根据公民举报，情报交换或通过微机网络分析筛选有嫌疑的，征管分局移交的嫌疑对象进行计算机或人工排列后列出稽查重点户；
2、检查，税务稽查的检查工作，是根据选案所确定的稽查对象，组织稽查人员寮施检查，采取必要的方法、措施和手段，收集案件的证人、证言，原始书证材料，整理制作《税务稽查报告》直接将案件移送审理的活动过程；
3、审理，税务稽查审理，是税务稽查机构立案查处的各类税务违法案件在检查完毕基础上，由专门核准事实、审查鉴别证据、分析认定案件性质，制作《审理报告》和《税务处理决定》或《税务稽查结论》的活动过程；
4、执行，执行人员将《税务处理决定书》送达被查对象，监督其执行。被查对像拒不履行纳税义务的，执行人员可填制《税收保全措施审批表》，报经县以上局长批准后，依法对被查对象采取税收强制措施，必要时移送公安机关处理。