商业用地建房是有房产证的，只要在房管局有登记的房产都有房产证。商住房只是房产性质为商业或办公性质而已，不是普通的住宅性质。
办理商业住房房产证流程
1、购房者要审查发展商的资格手续是否健全，也就是我们常说的五证是否完备。
2、买卖双方进行房产交易后一个月内持房屋买卖合同和其他证件到产权证房地产交易所办理买卖过户登记。
3、买卖双方接到交易所办理过户手续的通知后，交易所会给买方发放房产卖契，原则上房屋产权证需买卖双方共同办理。买卖双方或一方因故不能办理买卖过户手续和产权登记的，可出具委托书委托代理人代为办理。
4、办理完买卖过户手续后，买方应持房地产交易所发给的房产卖契，在三个月内到房屋所在地的市或区(县)的房屋土地管理局登记申请。
5、经房地产管理部门审查验证后，买方可领取房地产权证。