食用菌都是由菌丝体和子实体两大部分组成。
菌丝体是由无数菌丝组成的无色丝状物，它是食用菌的营养器官，相当于绿色植物的根、茎、叶，是食用菌的主体。它能利用自己巨大的表面积从土壤、树木或其他基质内分解、吸收和输送无机与有机营养物质以及水分，来同化成为自身的物质，供食用菌生长发育的需要，当菌丝体在基质中蔓延扩张到一定的阶段，达到生理成熟后，在环境适宜时，就形成子实体。
子实体是生长在土壤或其他基质上的部分，也就是人们食用的部分，是食用菌的繁殖器官，相当于绿色植物的果实、种子，主要功能是产生孢子，繁殖后代。典型的伞菌子实体是由菌盖和菌柄组成。