小产权房是不会征房产税的，因为房产税是以产权归属权为基本征收原则的。然而从对于小产权房，政府从来没有认可其合法身份，不承认其产权，而且在国土部新公布的先清理后治理的前提下，小产权房的拥有者很可能在不久的将来面临强制拆除等剥夺所有权的对待。既不给予确权，又要征收财产税，这无疑是强盗逻辑。
所谓小产权房，泛指没有经过政府征地程序的在农村集体土地上建设的住宅，因为按照我国现有制度规定，农村集体土地只有在被征用并变更为国有土地后，才允许进入土地交易市场。因此小产权房的产权归属不被国家承认，不颁发正规产权证，且有关部门一再宣称小产权房不合法。
有专家认为对小产权房征收房产税可以拉平其与正规商品房之间的价差，这样其在价格上对购房者的吸引力就消失了，建设小产权房也无更多的利益可图，还要面对监管风险，进而小产权房问题不攻自破。