行政事业单位会计基础工作方面存在的问题如下：
1、会计管理制度不健全。行政事业单位会计管理制度的修订普遍不完善和不及时，与新的财经法规和制度衔接不好，与单位情况变化和制度实际执行情况不相适应。少数单位对发票支票等重要管理制度的重要性认识不足，不按财务管理要求制定票据管理制度。
2、原始凭证不真实。有的行政事业单位对原始凭证审核不认真，对外来原始凭证的合法性没有按规定审核，以白条支付报销，领款人用圆珠笔或铅笔签字；支款单和支款报销单使用混乱；借款、报销、转账等凭证或没有领导人签字，没有报销人签字也没有审核人签字。
3、财务报告数据失真。行政事业单位为了达到一定的目的，随意编制财务报告，成为名副其实的编表造成账表不符，单位财务会计报告中虽然有报表但没有文字说明和财务分析，影响了会计报表阅读者的正确理解。