辣椒的病害种类繁多，主要病害有病毒病，真菌病害，细菌病害，线虫及生理病害等。
病毒病防治方法：
1、辣椒地要选择通透性良好的沙壤土，用高畦窄垄栽培；
2、种子用10%的磷酸三钠消毒；
3、幼苗期作好诱蚜防蚜工作；
细菌病害防治方法：
1、选用抗性强的无病种株留种；
2、温水浸种，用冷水预浸4到5毫米，在5温水中浸30分钟，除去种子表面的病菌；
3、烧毁病残株，清洁田园；
4、增施磷，钾肥；
真菌病害防治方法：
1、选用抗病品种；
2、培育无病壮苗；
3、避免田间渍水，雨后及时清除发病中心；
4、节约用水，注意排水，控制田间湿度。