圣殿前身“上古维序者”探寻第一文明遗迹，意外将男主儿子杀死，使主角夫妻走上复仇之路。
在追寻仇人的过程中发现这个组织极为庞大，并卷入了历史上有名的一段历史：埃及艳后克莱奥帕特拉与自己弟弟托勒密十三世争夺法老之位导致的埃及内战，以及罗马势力庞培与凯撒的介入。
主角夫妻一边帮他们打工一边刺杀自己的仇人们，因为凯撒决定加入上古维序者的阵营，最终在克莱奥帕特拉上台后反被当作弃子踢开。而凯撒副手弗拉维乌斯追寻第一文明遗物造成的破坏最终使主角夫妻领悟大义，决定成立对抗上古维序者的组织，也就是刺客的前身“无形者”。
剧末男主留在埃及发展组织，女主前往罗马发展组织并刺杀了凯撒。