分两种情况：
一 、合同规定运费由购货方承担，运输公司将运费发票开给购货方，且三方有代付运费协议，销货方代垫运费。
购货方会计分录如下：
购进材料，并收到代垫运费发票
借 原材料
借 应交税金——应交增值税——进项税
贷 其他应付款——应付运费
支付运费
借其他应付款——应付运费
贷:银行存款
销货方分录如下：
付运货款时:
借:其他应收款——代垫运费
贷:银行存款
把发票转出 ,收回代垫运费及货款:
借：银行存款
贷：应收账款
其他应收款——代垫运费
二、 如果运输公司直接把发票开出，在销货的同时收取的全部款项中包含此运费，则此运费为价外费用并入销售额，不用再单独收取
付运费时:
借:销售费用
应交税费——应交增值税——进项税
贷:银行存款