一、企业所得税（集体企业）
1.超标准税前列支各项费用。如，超比例计提补充养老保险、住房公积金，超标准计提效益工资，以及按个别地方政府文件规定缴纳但税法规定不得扣除的公益赞助、业务招待费、捐赠支出等。
2.未按权责发生制当期核算、当期摊销。如有些往来款项的余额未调增当年应纳税所得额。
3.多计支出。在生产费用中多列支与生产无关的费用，如差旅费、会议费、业务招待费等。少数企业还存在多提折旧等多列成本费用的问题。
4.少计收入。未将房屋、设备出租收入、销售处理废旧物资、材料等非主营业务收入或其它收入计入企业应纳税所得额。
二、个人所得税
1.发放各种补贴、考核奖金、防暑降温费、报销费用、补充养老保险及补充医疗保险等未并入当月工资薪金代扣代缴个人所得税。
2.应在每月合并计算的个人收入，分类分项扣缴个人所得税，从而重复扣除免征额，错误适用较低税率，少缴税款。
3.各企业使用的个人所得税扣缴软件不统一，扣缴方法不规范，税额不准确。
三、其它税种
1.因少计销售收入、营业收入等问题，企业相应存在少征营业税、城建税、教育费附加等问题
2.签定合同未缴印花税。