事业单位的内部控制主要是指事业单位为了履行职能、实现整体目标而设立的一个管理体系，也是自我约束和规范的过程。在目前事业单位管理过程中，内部控制有着不可或缺的作用，而内部控制中所存在的问题严重影响了事业单位的工作效率。因此，完善事业单位内部控制具有很重要的意义。
一、事业单位内部控制中存在的问题分析
1.事业单位内部控制意识淡薄
内部控制意识是健全的内部控制制度以及有效实施的重要保证。在现今的许多事业单位中，许多领导或者负责人缺乏对内部控制的认识以及其在事业单位管理中的重要性的了解，进而不能够建立起完善有效地事业单位内部控制制度，其中仍在很多不合理的地方。有些制度并没有考虑自身单位的实际情况，在其内部控制中并不能有效地实施，进而导致在预算以及经费方面出现严重的问题，极易造成单位的经济损失。
2.事业单位内部控制制度不完善
由于事业单位内部会计以及领导缺乏对会计控制制度的认识和重要性的了解，经常会使得会计控制制度不完善，起不到相应的作用。现今，事业单位的内部控制制度主要有以下三种形式，第一，事业单位内部并没有会计控制制度，同时也不具备具体的实施规范，进而导致会计在处理相关事项时没有规范的制度可依，存在一定的不确定性。第二，事业单位内部具备符合自身的内部控制制度，会在一定程度上，规范和监督事业单位内部的经济财会行为，但是大多时候会由于其他的主观因素或客观条件不能得到很好的执行。第三，单位内部具有相关的控制制度，但还是会有一些措施不得当，造成不必要的麻烦。
3.事业单位人员缺乏应有的素养和职业道德水平
首先，无论是正规教育还是继续教育，内部控制的内容都没有被提到重要的位置，即便提到，所提及的内部控制的内容过于简单，导致财务人员对内部控制知识掌握的较少，缺乏对内部控制制度的深层次了解。其次，相当多的财务人员主动学习意识不强，忽视对新知识的学习和更新，对新形势下存在的风险缺乏应有的防范意识。个别人员的综合素质不高、职业道德缺失，甚至出现贪污、挪用公款等现象，给单位和国家造成损失。
4.事业单位内部控制缺乏一定的执行力度
在事业单位中，要有效地实现内部控制是很困难的，一是因为制度的不完善，另一个重要的原因就是执行力相对薄弱。而导致控制执行力不足的主要原因就是对工作人员的岗位分配不当，内部业务的处理工作过于交叉复杂，相互过于分离，缺乏联系和协调、从而致使各部门不能很好地进行相互制约和监督。如果在一个工作环节上出了问题或差错，那么交接到下一个部门的工作人员就不能对其进行及时的纠正，进而对单位带来严重的后果。
二、事业单位进行内部控制应遵循的原则
事业单位的内部控制是一个比较系统的工作。要实现有效的内部控制就要遵循以下几个原则：
1.单位内部的协调配合
在单位的各项经营活动的处理中，不是单一的某个工作人员或者部门就能够完成，它需要各个人员和部门进行相互协调和配合，在完成任务的过程中，也要相互进行制约和监督。对于不同的工作岗位和工作部门应该进行同步，每一项业务的办理手续和流程的衔接都要足够的紧密，避免执行事业单位的内部控制制度时，出现脱节的现象，保证事业单位内部业务处理的连续性和有效性。
2.单位内部工作岗位职责的明确
在事业单位的内部控制中，要按照平日业务活动的性质和功能类型，对工作岗位进行划分，同时对其赋予相应的工作内容和职责权限，规定操作规程和处理手续，明确纪律规则和检查标准，同时，保证不相容的岗位相互分离，确保不同岗位之间权责分明、形成相互协作、相互制约的机制。
3.成本效益原则
在对事业单位的内部控制制度进行设计时，要充分考虑单位本身的特质、管理水平、业务处理范围等因素，要尽可能的设计出适合本单位的内部控制制度。此外，要估计实际情况，力求成本小，保证执行内部控制的成本低于由此所产生的管理收益，以确保事业单位的稳定运行。
4.适时性
对于事业单位的内部控制制度的制定并不是固定的，要随时根据国家的相关规定、单位的业务范围以及管理等外部客观环境进行必要的调整和完善，以有助于内部控制制度更好的执行。
三、完善事业单位内部控制的若干建议
1.增强单位负责人和工作人员对内部控制的意识
对于事业单位内部控制制度的控制是否合理和有效主要在于单位负责人对其的意识，因此，加强单位负责人对单位内部控制的意识是非常必要的。首先要加强单位负责人在事业单位内部控制方面的培训与相关知识方面的学习，既能使其掌握关于内部控制的基础知识，同时也能提高其对内部控制制度进行监理和完善的重要意义，进而提高其对内部控制的充分认识以及创建内部控制环境的必要性。此外，也要加强单位其他工作人员对内部控制及其重要性的认识，提高其自身的综合素质水平，进而能够配合并自觉遵守事业单位的内部控制制度，形成“人人了解内部控制，个个参与内部控制”的良好氛围，为单位有效开展内部控制工作奠定坚实基础。
2.完善事业单位的内部控制制度
现今我国对于事业单位的内部控制制度方面还并没有相关的规范指导，因此，事业单位应根据实际上单位内部管理和业务的具体内容，来制定内部财务会计制度，要尽量全面完整、具有一定的有效性和可操作性。对于内部会计的控制制度并不是单纯的为了根除所有的风险，而主要在于对潜在的风险进行有效地控制。在建立事业单位内部控制的过程中，我们要将单位的业务管理以及活动等各个部门、环节以及工作人员联系在一起，同时要随着国家的相关规定以及事业单位的自身情况对内部控制制度进行及时的调整和完善，以便确保有效地实现事业单位的内部控制。
3.提高事业单位内部控制人员的综合素质
确保事业单位内部控制制度的关键就在于拥有一个具有较高的综合素质水平的工作团队。通过加强对事业单位内部控制人员的培训和学习，来更新其专业基础知识，提高专业技能，同时要加强工作人员的自身素养以及职业道德水平，树立良好的单位内部控制意识，进而营造出良好的内部控制环境，与此同时，这也是有效实施事业单位内部控制的保证。
4.加强事业单位内部控制的监督
许多事业单位缺乏对内部控制的有效监督，以至于不能充分发挥内部控制制度的执行作用，因此，有必要加强事业单位对内部控制的监督。首先，对于设有内审机构的事业单位，要充分重视内部审计工作的严谨性，同时要加强内部审计人员的综合素质水平，通过实施健全的财务制度，对单位内部出现的问题进行及时的提出和改正，利用内部审计的工作来加强事业单位对内部的有效控制。其次，对于没有足够的条件而不能建立单独的内审机构的事业单位，更要提高财务审计方面的监督，同时对各种监督机制进行全面充分而完善，此外，也要充分发挥其他结构以及监管部门对事业单位的监督作用，以便于充分做好事业单位的内部控制工作。