秘书部作为协会内部的组织、协调中心，以协助协会主席团处理协会日常事务为工作中心，同时协调各部门的关系，促进协会各项工作的顺利开展。
秘书部的工作内容以“上传下达，内外联系”为主，及时将主席团的决策下达各部门同时定期反馈各部门的工作情况，传达双方的问题和意见，以便及时作出工作调整。SMU卓越医学生协会秘书部的骨干以辅助主席团工作、收集部门成员对于所负责相应部门的工作成果并且反馈至主席团为主，而成员渗透于每个部门，以协助各部门的工作、将工作成果汇总反馈至骨干为主，其具体工作内容为：协助主席工作，做好每次大型活动前的准备工作；做好各项会议的通知、记录和考勤登记；管理协会各种文件、信函、报纸等，并对文件、信函登记，存档；协助主席团调配人手、传达通知、撰写有关文件等；做好活动经费的预算、支出、收入登记；负责组织协会新干事的招聘，开展各部门的培训，提高学生会干部的工作水平；在领导、老师和同事、同学之间起到一个上传下达的作用。